В 2001 году владимирское «Торпедо» вернулось во второй дивизион из первенства МФФ «Золотое кольцо», где играло в статусе коллектива физкультуры. Первые три сезона в зоне «Запад» второго дивизиона черно-белые не могли вмешаться в борьбу за призовые места.
Но затем произошел качественный прорыв. В 2004 году «Торпедо» по инициативе и при поддержке руководства области во главе с губернатором Николаем Виноградовым значительно усилило. В состав «Торпедо» были призваны самые сильные на тот момент воспитанники владимирского футбола, с опытом высшей и первой лиг Дмитрий Вязьмикин, Евгений Дурнев, Игорь Варламов, Александр Акимов и другие. Благодаря этому «Торпедо» в 2004 году победило в зональном турнире второго дивизиона и заняло второе место в Кубке ПФЛ.Однако высокие финансовые требования к клубу и технические ‑ к стадиону позволили команде выйти по спортивному принципу в первый дивизион. Было принято непростое решение снова играть во втором дивизионе.
В последующих пяти сезонах владимирцы всегда входили в пятерку сильнейших команд, причем дважды коллектив получал серебряные медали и однажды бронзовые.
В 2010 году владимирское «Торпедо» в очередной раз доказало свой высокий класс, заняв первое место в зоне «Запад». Так и состоялся героический долгожданный выход в первый дивизион, о котором болельщики мечтали годами. Главным тренером команды на тот момент являлся Евгений Дурнев, завершивший карьеру игрока в «Торпедо».
В первенстве ФНЛ
С приходом владимирской команды в первый дивизион совпало его преобразование в первенство Футбольной национальной лиги. Это потребовало в несколько раз увеличить финансирование клуба, для чего привлекли спонсоров.
И все-таки сложный сезон первенства ФНЛ 2011-2012 годов, состоявший из первого летнего этапа и второго весеннего, «Торпедо» завершило, выполнив турнирную задачу ‑ остаться в первом дивизионе.
17 июля 2011 года владимирцы открыли новую страницу кубковой истории клуба. На своем поле «Торпедо» победило со счетом 3:0 «Спартак» из Нальчика и вышло в 1/8 финала Кубка России.
В особо трудный период 2011 года Евгения Дурнев ушел с поста главного тренера, но его сменил его товарищ и ровесник Александр Акимов.
В течение сезона неоднократно появлялась информация о финансовых проблемах, возникающей задолженности перед игроками то по зарплате, то по премиальным. В результате футболисты одного из самых скромных по уровню финансирования клубов ФНЛ - владимирского «Торпедо» доказали, что играют не только за деньги.
Тревожное лето
2012 года
Подготовка к первенству ФНЛ 2012-2013 годов идет в очень тревожной обстановке.
Из-за материальных проблем покинули первый дивизион сильные по игре клубы: «КАМАЗ» (Набережные Челны) и брянское «Динамо», которое вообще на прошлой неделе лишено профессиональной лицензии. Поэтому в уже сверстанном календаре динамовцев Брянска заменила «Уфа» из второго дивизиона. Количество участников первенства сократилось до 18-ти. Из премьер-лиги пришли «Томь» и «Спартак» (Нальчик). Среди поднявшихся из второго дивизиона именитый волгоградский «Ротор».
Владимирское «Торпедо» до последнего определялось с участием в первенстве. Тем временем команду покинул ряд игроков, составлявших основу в прошлом сезоне.
Вновь поднят вопрос о задолженности перед игроками и проблемах с заключением контрактов с большинством игроков. И все-таки «Торпедо» готовится к новому сезону, готовность выступать подтверждена.
Газета «Спорт-Экспресс» цитирует главу ФНЛ Игоря Ефремова, который на пресс-конференции в Москве 2 июля заявил, что руководство Владимирской области делает все возможное для исправления финансовой ситуации в местном «Торпедо»: «Я сегодня разговаривал с губернатором Владимирской области, да и вообще в последние 10 дней мы с ним часто обсуждали вопросы, связанные с трудностями у «Торпедо».
Владимирский клуб ‑ государственное учреждение, президентом которого является вице-губернатор. В клубе есть проблемы с выплатой премиальных, но губернатор меня заверил, что делает все возможное для исправления ситуации.
Люди понимают и прекрасно отдают себе отчет, что при самом худшем развитии ситуации они не смогут заявиться даже для выступлений во втором дивизионе.
Губернатор ничего об отказе «Торпедо» от участия в соревнованиях не говорил и заметил, что ситуация находится в штатном режиме. Команда готовится к матчам, и билеты на рейс на игру первого тура в Хабаровск уже заказаны».