Маргарита Малахова родилась 13 марта 1944 года в деревне Лазаревское Юрьев-Польского района в многодетной семье.
Работала учителем в Лазаревской начальной и Озерецкой семилетней школах, секретарем комсомольской организации совхоза «Небыловский», заведующей отделом Юрьев-Польского РК ВЛКСМ, организатором художественной самодеятельности Дома культуры ВТЗ, организатором внешкольной и внеклассной работы Киржачской средней школы, инструктором Киржачского РК КПСС, методистом ВГПИ, инструктором Владимирского горкома КПСС. С 1973 года стала секретарем Фрунзенского райкома КПСС.
Затем Маргарита Малахова училась в аспирантуре Академии общественных наук при ЦК КПСС. Руководила лекторской группой обкома КПСС. В 1979 году защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата исторических наук. Была первым секретарем Ленинского РК КПСС, секретарем Владимирского горкома Компартии, руководителем общественно-политического центра обкома КПСС. После 1991 года руководила фондом социальной поддержки населения администрации Ленинского района.
С 1997-го до 2005 года Маргарита Анатольевна возглавляла Владимирский горсовет, с 2005-го по 2009 год была заместителем председателя, входила в делегацию России в Конгрессе местных и региональных властей Совета Европы, внесла большой вклад в налаживание отношений с Эрлангеном. Также она работала во владимирском филиале РАНХиГС, входила в состав Российской муниципальной академии, Общественной палаты Владимирской области и Совета старейшин города Владимира.
Администрация и Совет народных депутатов города Владимира, редакция «Владимирские ведомости» выражают глубокие соболезнования семье Маргариты Анатольевны, всем, кто ее знал и любил.
Церемония прощания с Маргаритой Анатольевной Малаховой состоится 1 декабря с 09:00 до 10:00 в ритуальном зале по адресу: г. Владимир, ул. Вокзальная, 47 (остановка «Улица Железнодорожная»).
Похороны пройдут на кладбище «Улыбышево».