Уголовное дело расследовалось в тесном взаимодействии СУ СКР с УФСБ и УМВД. Бывшему топ-менеджеру инкриминируют преднамеренное банкротство предприятия (ст. 196 УК РФ), злоупотребление должностными полномочиями, повлекшее тяжкие последствия (ч.2 ст. 201 УК РФ), мошенничество в особо крупном размере (ч. 4 ст. 159 УК РФ) и два эпизода растраты вверенного имущества в особо крупном размере (ч. 4 ст. 160 УК РФ). Вот ссылки лишь на часть публикаций «по-поводу»:
https://vedom.ru/news/2017/01/26/24310-melnikov, https://vedom.ru/news/2017/03/15/24754-melnikova, https://vedom.ru/news/2017/02/16/24528-prigovor, https://vedom.ru/news/2017/02/28/24623-a-esche, https://vedom.ru/news/2017/03/22/24820-proschay.
Как констатируют в СУ СКР, расследование проводилось в сложных условиях: ряд важных свидетелей по делу скрылись, в том числе старший сын Мельникова - Петр, который сейчас находится в международном розыске и под заочным арестом. Его обвиняют в обналичивании не менее 500 млн рублей. Следствие перелопатило тысячи документов (в деле 80 томов). Была проведена объемная аналитическая финансово-экономическая экспертиза. И вот как выглядит версия следствия о действиях Мельникова: якобы с 2011 года он корысти ради, не желая возвращать «Банку ВТБ» кредит в 1,49 млрд рублей, провел схему разорения акционерного общества. Создал новое взаимозависимое юрлицо – ООО «Завод «Автоприбор» и перевел фактическую деятельность и прибыль от производства туда. А на ОАО оставил многомиллионные долги, чем усугубил ситуацию с его полной неплатежеспособностью. Вывел ценные активы — продал их за 0 копеек аффилированным лицам. В итоге, по мнению следствия, все это привело к убыткам ОАО в 1,2 млрд и банкротству.
В рамках уголовного дела потерпевшим признано также Банк ВТБ (ПАО) с государственным контрольным пакетом акций. Его ущерб оценивают в 1,4 млрд.